צינורות גיאותרמיים צריכים לעבור כתווך של מים, מים מכילים הרבה חומר. באופן כללי ניתן לחלק לשתי קטגוריות: האחת היא מינרלים, סידן, יוני מגנזיום וכו'; השני הוא חיידקים. בשל המערכת הגיאותרמית לאחר תקופת שימוש תייצר כמות גדולה של אבנית יוני סידן ומגנזיום, בוץ ביולוגי, חלודה מחוץ לרשת הצינורות, משקעים; החומרים הכימיים המשמשים את מפעלי החימום למניעת גניבת מים מחוברים גם לדופן הפנימית של צינור החום, מה שגורם לצינור החום להיות שחור או חסום ולאיבוד תפקוד החימום.
חשוב מאוד לבחור צינור חימום טוב לפני התקנת חימום, אך גם להקדיש תשומת לב מלאה לתחזוקה וניקוי שוטפים של צינור החימום בתהליך השימוש, שהוא אמצעי חשוב לשמירה ושיפור היעילות התרמית של מערכת החימום. .
בנסיבות רגילות, צינור גיאותרמי בפעולה של תקופת חימום יפקיד 1 ~ 1.5 מ"מ בקנה מידה, חימר, והטמפרטורה המקבילה הפנימית מופחתת ב-3 ~ 6 מעלות, איכות המים חמורה יותר. המוליכות התרמית של אבנית ירודה. בתהליך חילופי החום, קנה המידה גדל מ-0 מ"מ ל-0.3 מ"מ, וקצב חילופי החום יופחת ל-79 אחוזים. בנוסף, קצב חילופי החום יירד בחדות עם העלייה בעובי האבנית, וזו הסיבה שאנשים מרגישים שהרצפה לא חמה.
